En plus de protéger des habitats, Natura 2000 protège certaines espèces sensibles, caractéristiques des habitats (toutes les descriptions des espèces sont disponibles en cliquant sur leurs noms).
Sur Groix, sont présentes 2 espèces listées dans les annexes de la directive Habitats : l'Oseille des rochers (Rumex rupestris) et le Trichomanes remarquable (Vandenboschia speciosum).
Il existe, par ailleurs, d'autres espèces protégées sur l'île :
| Espèces | Protection nationale | Protection régionale | Livre rouge de la flore | Liste rouge armoricaine de France |
Isoète épineux (Isoetes histrix) | X | X | ||
Asphodèle d'Arrondeau (Asphodelus macrocarpus var. arrondeaui) | X | X | ||
Carotte de Gadeceau (Daucus carota subsp. gadecaei) | X | X | X | |
Erodium en grappe (Erodium botrys) | X | X | ||
Linaire des sables (Linaria arenaria) | X | X | ||
Asplenium de Billot (Asplenium obovatum subsp. obovatum) | X | X | ||
Plantain caréné littoral (Plantago holosteum var. littorale) | X | X | X | |
Lotier à petites fleurs (Lotus parviflorus) | X | X | ||
Cuscute de Godron (Cuscuta planiflora subsp. godroni) | X | |||
Bellardie (Bellardia trixago) | X | |||
Bruyère vagabonde (Erica vagans) | X | |||
Petite Centaurée maritime (Centaurium maritimum) | X | |||
Linaire de Pelissier (Linaria pelisseriana) | X |