Le Préfet a la maîtrise d'ouvrage et est commanditaire du document d'objectifs. Il approuve par arrêté préfectoral le document d'objectifs après validation du comité de pilotage.
La DREAL et la DDTM sont les interlocuteurs directs de l'opérateur local et mettent en place les financements nécessaires.
L'opérateur local (Lorient Agglomération) est le maître d'œuvre. Il a en charge les aspects financiers, administratifs, techniques et de communication. Il est responsable de la production du document d'objectifs.
Le chargé de mission a en charge le suivi du dossier au sein de sa structure. Il est chargé des contacts directs avec les acteurs, de rechercher et de synthétiser les données, de rédiger les documents techniques et de communication. Pour le site Natura 2000 "Île de Groix", il s'agit actuellement de Jean MANELPHE.
Le comité de pilotage du site natura 2000, réuni sous la présidence actuelle du Maire de Groix, est l'organe central du processus de concertation. Son rôle est d'examiner, d'amender et de valider les documents, les propositions puis le document d'objectifs.
La Réserve Naturelle Nationale François Le Bail : voir ici sa page de présentation
Les ayants droit, usagers, habitants, propriétaires fonciers, exploitants, artisans, pêcheurs, dont l'activité est concernée et/ ou qui utilisent le site pour leurs loisirs : promeneurs, chasseurs, plaisanciers, sportifs…, participent, soit en tant que personnes ressources, soit dans les groupes de travail, à la concertation pour énoncer les objectifs et les moyens à mettre en œuvre pour la conservation du site.
Les experts peuvent être sollicités pour participer aux comité de pilotage ou groupes de travail pour leurs compétences dans des domaines spécifiques.
De plus, le travail réalisé par le Muséum National d'Histoire Naturelle, sous la forme des cahiers d'habitats, a servi de base aux réflexions et aux propositions.